我國海關特殊監(jiān)管區(qū)曾有保稅區(qū)、出口加工區(qū)、保稅物流園區(qū)、保稅港區(qū)、綜合保稅區(qū)、出口監(jiān)管倉庫、進口保稅倉庫、保稅物流中心（A）型、保稅物流中心（Ｂ）型、珠海跨境工業(yè)園區(qū)、霍爾果斯邊境合作區(qū)等共計10余種。
    2008年王岐山副總理聽取海關盛光祖署長就海關特殊監(jiān)管區(qū)整合工作專題報告指出：海關特殊監(jiān)管區(qū)功能、政策、監(jiān)管方式無統(tǒng)一模式，成為阻礙各類海關特殊監(jiān)管區(qū)發(fā)展的主要問題，因此必須加快海關特殊監(jiān)管區(qū)功能整合工作，將現(xiàn)有海關特殊監(jiān)管區(qū)整合為統(tǒng)一的海關特殊監(jiān)管區(qū)域確有必要，而且時機也基本成熟。經(jīng)我們與上級部門對接，海關特殊監(jiān)管區(qū)整合目標是全部要整合為綜合保稅區(qū)或保稅港區(qū)，目前暫時保留四種申報種類，以政府為申報主體的出口加工區(qū)、綜合保稅區(qū)、保稅港區(qū)和以企業(yè)為申報主體的保稅物流中心（B型）。
    一、保稅港區(qū)與綜合保稅區(qū)
    保稅港區(qū)是指經(jīng)國務院批準，設立在國家對外開放的口岸港區(qū)和與之相連的特定區(qū)域內，具有口岸、物流、加工等功能的海關特殊監(jiān)管區(qū)域。綜合保稅區(qū)是指經(jīng)國務院批準設立在內陸地區(qū)的具有保稅港區(qū)功能的海關特殊監(jiān)管區(qū)域，由海關參照有關規(guī)定對綜合保稅區(qū)進行管理，執(zhí)行保稅港區(qū)的稅收和外匯政策。它和保稅港區(qū)一樣，是我國目前開放層次最高、優(yōu)惠政策最多、功能最齊全、手續(xù)最簡化的特殊開放區(qū)域。它整合原來保稅區(qū)、保稅物流園區(qū)、出口加工區(qū)等多種外向型功能區(qū)后，成為更為開放的一種形態(tài)，也更符合國際慣例。
    保稅港區(qū)和綜合保稅區(qū)可以開展的業(yè)務：（1）存儲進出口貨物和其他未辦結海關手續(xù)的貨物；（2）國際轉口貿易；（3）國際采購、分銷和配送；（4）國際中轉；（5）檢測和售后服務維修；（6）商品展示；（7）研發(fā)、加工、制造；（8）港口作業(yè)；（9）經(jīng)海關批準的其他業(yè)務。
    二、出口加工區(qū)
    指一個國家或地區(qū)為利用外資、發(fā)展出口導向工業(yè)、擴大對外貿易而設立的以制造、加工或裝配出口商品為主的特殊區(qū)域。
    出口加工區(qū)可以開展下列業(yè)務：（1）存儲進出口貨物和其他未辦結海關手續(xù)的貨物；（2）國際采購、分銷和配送；（3）檢測和售后服務維修；（4）研發(fā)、加工、制造。
    三、保稅物流中心（B型）
    保稅物流中心（B型）（以下簡稱物流中心）是指經(jīng)海關批準,由中國境內一家企業(yè)法人經(jīng)營，多家企業(yè)進入并從事保稅倉儲物流業(yè)務的海關集中監(jiān)管場所。
    （一）經(jīng)海關批準可存入物流中心的貨物：（1）國內出口貨物；（2）轉口貨物和國際中轉貨物；（3）外商暫存貨物；（4）加工貿易進出口貨物；（5）供應國際航行船舶和航空器的物料、維修用零部件；（6）供維修外國產(chǎn)品所進口寄售的零配件；（7）未辦結海關手續(xù)的一般貿易進口貨物；（8）經(jīng)海關批準的其他未辦結海關手續(xù)的貨物。
    （二）設立物流中心應當具備的條件：（1）物流中心倉儲面積,東部地區(qū)不低于10萬平方米，中西部地區(qū)不低于5萬平方米；（2）符合海關對物流中心的監(jiān)管規(guī)劃建設要求；（3）選址在靠近海港、空港、陸路交通樞紐及內陸國際物流需求量較大，交通便利，設有海關機構且便于海關集中監(jiān)管的地方；（4）經(jīng)省級人民政府確認，符合地方經(jīng)濟發(fā)展總體布局，滿足加工貿易發(fā)展對保稅物流的需求；（5）建立符合海關監(jiān)管要求的計算機管理系統(tǒng)，提供海關查閱數(shù)據(jù)的終端設備，并按照海關規(guī)定的認證方式和數(shù)據(jù)標準，通過“電子口岸”平臺與海關聯(lián)網(wǎng)，以便海關在統(tǒng)一平臺上與國稅、外匯管理等部門實現(xiàn)數(shù)據(jù)交換及信息共享；（6）設置符合海關監(jiān)管要求的安全隔離設施、視頻監(jiān)控系統(tǒng)等監(jiān)管、辦公設施。
    （三）中心內企業(yè)可以開展的業(yè)務：（1）保稅存儲進出口貨物及其他未辦結海關手續(xù)貨物；（2）對所存貨物開展流通性簡單加工和增值服務；（3）全球采購和國際分撥、配送；（4）轉口貿易和國際中轉；（5）經(jīng)海關批準的其他國際物流業(yè)務。
    （四）中心內企業(yè)不得在物流中心內開展的業(yè)務：（1）商業(yè)零售；（2）生產(chǎn)和加工制造；（3）維修、翻新和拆解；（4）存儲國家禁止進出口貨物，以及危害公共安全、公共衛(wèi)生或者健康、公共道德或者秩序的國家限制進出口貨物；（5）法律、行政法規(guī)明確規(guī)定不能享受保稅政策的貨物；（6）其他與物流中心無關的業(yè)務。
    （五）申報設立的材料及審批程序： 申請設立物流中心的企業(yè)應當向直屬海關提出書面申請，并遞交以下加蓋企業(yè)印章的材料：（1）申請書；（2）省級人民政府意見書（附可行性研究報告）；（3）企業(yè)章程復印件；（4）企業(yè)法人營業(yè)執(zhí)照復印件；（5）法定代表人的身份證明復印件；（6）稅務登記證復印件；（7）會計師事務所出具的驗資報告等資信證明文件；（8）物流中心所用土地使用權的合法證明及地理位置圖、平面規(guī)劃圖。同時，物流中心內只能設立倉庫、堆場和海關監(jiān)管工作區(qū)。不得建立商業(yè)性消費設施。設立物流中心的申請由直屬海關受理，報海關總署審批。